Dopo la morte di Hydargos, Gandal viene affiancato dal Ministro delle Scienze Zuril, proveniente da una stella alleata a Vega, un individuo decisamente audace e di grande cultura scientifica, nonché abile stratega; questi si contrapporrà spesso a Gandal cosicché i due finiranno spesso per contrastarsi anziché cooperare, anche se non mancheranno di allearsi contro Dantus, un altro comandante di Vega che aveva quasi sconfitto Goldrake utilizzando un gigantesco gorilla-cyborg da lui costruito.
Koji riceve un nuovo mezzo battezzato Goldrake Due (Double Spacer), grazie al quale Goldrake potrà agganciarsi e volare più agilmente nell'aria terrestre rispetto al proprio disco Spacer.
A Venusia, dopo un periodo di uso misto del "Goldrake 2", viene assegnato il Delfino Spaziale (Marine Spacer), un mezzo in grado di agganciarsi e far muovere Goldrake sotto l'acqua, che sarà molto utile contro la base avanzata sottomarina di Zuril.
Si scopre che Maria (Maria Grace Fleed), sorella minore di Actarus, era arrivata sulla Terra ancora bambina, salvata da un anziano abitante del pianeta Fleed che l'aveva allevata come fosse sua nipote; in punto di morte egli le rivela tutto implorandola di riprendersi la sua eredità, il robot Goldrake, e consegnandole l'emblema del suo lignaggio reale, un medaglione, una pistola a raggi e un pugnale.
In seguito Maria, credendo di trovare in Actarus il suo acerrimo nemico, cerca di ucciderlo col pugnale ma riesce solo a lacerare la sua casacca e a far cadere un medaglione col simbolo del pianeta Fleed, uguale al suo, che le svela la verità: i due sono fratello e sorella, eredi della famiglia reale di Fleed. Da questo momento anche Maria coadiuva il fratello in battaglia, e lo fa con un nuovo mezzo, la Trivella Spaziale (Drill Spacer), in grado di agganciarsi e far penetrare il robot Goldrake sottoterra.
La lotta prosegue con la squadra di quattro piloti e le forze di Vega subiscono numerose sconfitte, mentre il loro impero comincia a dissolversi.
La stella Vega, contaminata dalle radiazioni del Vegatron, il minerale fonte di energia della sua civiltà, sta per diventare una stella morta e la Terra apparirà agli alieni come l'unica speranza per la sopravvivenza.
Gli attacchi si faranno quindi sempre più decisi e disperati e la guerra s'inasprisce, con molte vittime: Kain e Morus, grandi amici d'infanzia di Maria e Duke, Zuril Junior, figlio di Zuril.
Re Vega, nel tentativo di assicurarsi il buon esito della guerra, promette a Zuril la mano della figlia Rubina, ex promessa sposa di Actarus. Ma la principessa si ribella e fugge sulla Terra per comunicare ad Actarus che il suo pianeta Fleed sta rinascendo.
Actarus, sorpreso, esce dall'astronave, ma, caduto in una trappola del ministro Zuril (infatuato anch'egli di Rubina), l'accusa di averlo ingannato. La giovane principessa con un gesto estremo lo salva, finendo per morire fra le sue braccia. Morirà anche il ministro Zuril, folgorato dalla pistola a raggi di Koji.
Ormai l'esercito di Vega è quasi privo di risorse e manda all'attacco Guragur, l'ultimo Mostro di Vega che, pilotato da Lady Gandal, si lancia in un ennesimo disperato attacco.
Contemporaneamente Actarus si mette in viaggio verso la base nemica meditando un attacco suicida ma Koji intuisce le sue intenzioni, lo insegue e lo costringe a tornare minacciando di seguirlo anche a costo della vita, infatti mentre stanno per uscire dall'atmosfera terrestre la struttura del Goldrake Due comincia a cedere perché non è costruito per volare nello spazio.
Mentre stanno tornando vengono attaccati a tradimento da Lady Gandal: Alcor perde i sensi e Actarus lo salva gettandosi con il Goldrake dal suo spacer e prendendo al volo il mezzo dell'amico, ma viene nuovamente attaccato e indebolito dai raggi dell'avversario.
Quando ormai è sul punto di soccombere l'arrivo dei mezzi di soccorso distrae Lady Gandal, e finalmente Goldrake riesce a distruggere il robot nel quale si trova la coppia, tagliandogli la testa, che però non esplode: rinvenuta, Lady Gandal stordisce il marito e propone ai terrestri di lasciarla vivere in pace sulla Terra promettendo di uccidere il proprio re.
Ella sta quasi per riuscirci ma viene fermata e uccisa dalla sua metà maschile, che desiderando riscattarsi con re Vega si schianta volontariamente con la sua astronave contro Goldrake senza però riuscire a distruggerlo, morendo dopo aver invocato il nome del suo sovrano, mentre si inabissa col suo mezzo in mare.
Nella battaglia finale contro tutte le forze di Vega rimaste, lanciate in un ultimo disperato attacco, i compagni di Actarus alla guida di una nuova astronave, il Cosmo Speciale distruggono sistematicamente tutte le navi e i minidischi mentre Goldrake combatte contro la nave imperiale di Re Vega.
Inizia un lungo combattimento e Actarus, dopo essere stato in difficoltà, con l'aiuto dei suoi amici riesce a danneggiare gravemente il nemico e re Vega, vistosi sconfitto, per vendicarsi ordinerà di fare schiantare la propria astronave sulla Terra per contaminarla con le proprie ceneri radioattive, ma Actarus riuscirà a fermarlo in tempo: con un ultimo colpo della sua alabarda spaziale, la sua arma più caratteristica, Goldrake squarcia la sezione di comando della nave colpendo lo stesso sovrano che, in un ultimo delirio di onnipotenza ("Io sono Re Vega, signore dell'universo!!"), muore nell'esplosione, mentre gli eroi si lasciano andare ad un pianto di gioia.
Terminata la guerra con la rassicurazione che la loro patria natale Fleed sta tornando alla vita, Actarus e Maria decidono di tornarvi per ricostruire, assieme a coloro che scamparono all'invasione da parte di Vega, il regno perduto.
In un commosso commiato dal padre adottivo Procton e dagli amici più cari, Actarus e Maria decollano alla volta di Fleed e l'ultima sequenza li vede arrivare sul loro pianeta ormai rifiorito.
Segue
